Susunan Pengurus MISY adalah sebagai berikut:
- Pembina : Abu Yahya Badru Salam.Lc
- Mudir Aam : Nawawi Hanafiah
- Sekretaris : Supriyanto, S.Pd.
- Bendahara : Agung Abdurahman
- Kaur Tahfidh/Kurikulum : Ust Mahfudz
- Kaur Humas : Ust. Ihsan Abu Zuhry
- Kaur Kesantrian : Ustadz. Rakha
- Kaur Sarpras : Agus
- Kaur TU/Administrasi : Agung Abdurahman
k.1 Divisi Security : P’ Sugeng
k.2 Divisi OB/Kebersihan : P’ Iwan
k.3 Divisi Dapur : B’ Dhika Hidayah
k.4 Divisi Kesehatan/P3K : P’ Hasan
k.5 Divisi Mini Market : Ummu Asyraf
- Kepala Asrama Putra : Ust Muhammad Ihsan + Ust. Rakha
Staf Reguler Putra : Ust. Yusuf
Staf Super Intensif Putra : Ust Aminullah
Staf Muroja’ah Putra : Ust Aminullah
Staf Sanad Putra : Ust Mahfudz
Staf Hadits Putra : Ust. Abu Zaid
- Kepala Asrama Putri : Ummu Yahya + Ummu Linda
Staf Reguler Putri : Usth Aina
Staf Super Intensif Putri : Usth Mar’atus Shalihah
Staf Muroja’ah Putri : Ummu Linda
Staf Sanad Putri : Ust Mahfudz
Staf Hadits Putri : Ust Abu Zaid
- Kepala Non Asrama : Ust Irham Maulana
Staf Ceria Emas : Ustadzh Fenni
Staf Ceria Full Day Putra : Ust Bagus
Staf Ceria Full Day Putri : Ummu Zubair
- Kepala Pesantern Masyarakat Putra : Ust. Santoso
Staf Ceria Reguler Putra : Ust Hikmatyar
Staf Reguler Remaja Putra : Ust. Bagus
Staf Reguler Al-Abaa : Ust. Didi Haryanto
Staf TPA Putra : Ust. Irfan
- Kepala Pesantren Masyarakat Putri : Amalia Alfi
Staf Ceria Reguler Putri : Ukhty Syafiqoh
Staf Reguler Remaja Putri : Dyiauzahra
Staf Reguler Umahat : Dyiauzahra
Staf TPA Putri : Dyiauzahra